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Biochemie C Praktikum Uni Wien, Rechtschreibfehler nicht ausgebessert.
Diese Lektion wurde von mimose erstellt.
- Warum wird bei starken Verdünnungen der Rinderleberkatalase ... Bei starker Verdünnung neigen die Proteine dazu an der Glaswand haften zu bleiben. Gibt man zunächst Puffer + BSA zu werden die Bindungsstellen durch BSA besetzt und das Protein bleibt in Lösung
- Ordnen Sie die nachfolgenden Proteindenaturierungsmittel ... Δ pH > GdmCl > Harnstoff > SDS > Temperaturerhöhung >Druckerhöhung Ph-Ds gehen Pipi. Halten die luft im warmen raum an und drücken fester. ph (ionisation, schwach saurer bzw. basischer Seitenketten ...
- Erklären Sie kurz, was man unter einem 2-Zustandsmodell ... 2-Zustandsmodell der Entfaltung: in 1. Näherung: herrscht ein direktes Gleichgewicht zwischen dem gefalteten (nativen) Zustand F und dem völlig entfalteten Zustand U: F<->U Die Lage dieses GW in Abwesenheit ...
- Wie groß ist die relative Stabilität des nativ gefalteten ... energetische Unterschied zwischen kompakt gefaltet und völlig entfaltet delikate Balance zwischen stabil/destabilisierenden Effekten--> entropische Effekte dominieren Positive WW ( Trans WW innerhalb ...
- Welcher unmittelbar aus einer Entfaltungsisotherme ... Die Konzentration X1/2 ist eine charakteristische Größe und ein recht brauchbares Maß für den Vergleich der Stabilitäten verschiedener Proteine. X1/2 ist die zugehörige Konzentration am Wendepunkt ...
- Geben Sie eine empirische Beziehung zwischen der Stabilität ... Es hat sich empirisch gezeigt dass für fast alle die Konformation beeinflussenden Effekte (Lösungsmittelzusätze, druck, Temperatur) das jeweilige delta G_app annähernd linear von der Konzentration ...
- Welche Möglichkeiten kennen Sie, um die Stabilität ... Der native Zustand von Proteinen soll stabilisiert werden und gegen thermische bzw. chemische Denaturierung und inaktivierende Aggregation geschützt werden. 1. Stabilisation erfolgt durch chemische ...
- Was sind die grundsätzlichen Konsequenzen aus dem ... Reversible Faltung an RNase A aus Rinderpankreas, 2 wesentliche Grundlagen zum Verständnis der in vivo Faltung Die 3D-Struktur von Proteinen ist offenbar eindeutig in der Primärstruktur angelegt. Heute ...
- Zählen Sie wenigstens 4 verschiedene Methoden zur ... 1. Aktivitätsbestimmung: Kann man nur dann anwenden, wenn das Protein eine enzymatische Aktivität besitzt. 2. UV/Vis-Absorption: Funktioniert dann, wenn die absorbtion vom Proteien im ...
- Was muss man bei der Herstellung konzentrierter Lösungen ... Harnstoff und Guanidiniumchlorid zeigen beim Lösen in Wasser ausgeprägte Mischungseffekte (Abkühlen). Zur Herstellung der Lsg. Daher zunächst deutlich weniger Wasser (Puffer) als das gewünschte Endvolumen ...
- Was muss man bei der Herstellung konzentrierter Lösungen ... Harnstoff und Guanidiniumchlorid zeigen beim Lösen in Wasser ausgeprägte Mischungseffekte (Abkühlen). Zur Herstellung der Lsg. Daher zunächst deutlich weniger Wasser (Puffer) als das gewünschte Endvolumen ...
- Warum arbeitet man bei der in-vitro Rückfaltung von ... Hohe Verdünnung ist notwendig, um unspezifische Assoziationen hydrophober Regionen zwischen einzelnen Molekülen zu verhindern (was aber auch die Rückassoziation oligomerer Proteine behindert) Alternative ...
- Welche Aminosäuren können für besonders langsame ... Prolin: im entfalteten Zustand liegen X-Pro-Peptidbindungen zu 20% in cis-Konfiguration vor. Normalerweise sind Peptidbindungen zu 99,9% in der trans-Konfiguration. Für die Faltung zur nativen Konformation ...
- Zählen Sie 3 Vorgänge auf, die bei der Rückfaltung ... Unspezifische AggregatbildungFehlbildung der DisulfidbrückenZusätze, die die aggregationsgefährdeten Zwischnprodukte stabilisieren, können Proteine an ihrer Weiterfaltung behindern
- Wann gibt man bei in vitro-Faltungsversuchen niedermolekulare ... Oxidationsmittel zur Wiederherstellung der Disulfidbindungen. Wenn Disulfidbrücken gebildet werden müssen. Sie machen Bindungen zwischen falschen Cysteinen reversibel und ersetzen so die in vivo vorhandenen ...
- Zählen Sie die wichtigsten Unterschiede zwischen ... In vivo liegt eine einheitliche Population von naszierenden Polypeptiden vor, nicht eine Mischung verschiedenst entfalteter Moleküle.In vivo findet die Faltung bei hoher Proteinkonzentration statt, das ...
- Extrazelluläre (bzw. periplasmatische) Proteine besitzen ... Durch Hilfsenzyme wie zum Beispiel „Protein Disulfid Isomerase“ (PDI), im Lumen des ER, beschleunigt die Reaktion. Durch Zugabe eines Überschusses an niedermolekularen SH Verbindungen sind diese ...
- Sie haben ein eukaryotisches Protein in E.coli exprimiert ... Protein langsam aus denaturierenden Bedingungen in solche überführen, die den nativen Zustand möglichst stabilisieren (pH, Ionenstärke, niedermolekulare Liganden…). Proteinkonzentration niedrig ...
- Beschreiben Sie ganz kurz das Konzept der Rückfaltung ... Cyclodextrine sind ringförmige Makromoleküle, die aus mehreren α-(1→4)-glykosidisch verknüpften Glucoseeinheiten bestehen. Sie unterscheiden sich in ihrer Anzahl der Glukosebausteine. Die Strukturen ...
- Was sind die wesentlichen Effekte die Sie sich vom ... schnellere Rückfaltungweniger Aggregationweniger Fehlfaltungen
- Warum ist Kaliumiodid ein wesentlich besserer Quencher ... Wegen seiner Ladung. Durch die elektrostatische Wechselwirkung in der überwiegend positiven geladenen Nachbarschaft von W134 liegt es dort angereichert vor. Dieser Effekt ist nicht zu beobachten bei ...
- Sie untersuchen ein globuläres Protein mit nur einem ... Trp-Rest ist gut für den Quencher zugänglich, die gesamte Anregungsenergie geht durch quenchen verloren, es kommt zu einem strahlungslosen Rückgang in den Grundzustand. Gute Zugänglichkeit zurückzuführen ...
- Auf welche Weise kann der durch Lichtabsorption zustande ... Relaxieren zum niedrigsten Schwingungsniveau vo von S1 und Rückkehr in Grundzustand unter Emission der entsprechenden Floureszenzquants Interkombination von S1 zum niedrigsten Triplettzustand (T1) ...
- Was beschreibt die Stern-Volmer–Beziehung? Beschreibt die veränderte Intensität der Fluoreszenz in Gegenwart des Quenchers Die Stern-Volmer-Gleichung beschreibt die Abhängigkeit der Quantenausbeute bzw. der Intensität der Fluoreszenz eines ...
- Welche Information liefert mir die Stern-Volmer Konstante ... k = bimolekulare Quenchkonstante = eine Geschwindigkeitskonstante für die Bildung des XQ* Komplexes (=Fluorophor-Quencher-Komplex im angeregten Zustand) т = die Lebensdauer des ...
- Was versteht man unter Kollisions-Quench? X (Flourophor) + h υ (Lichtenergie) ÞX* (Anregung) Dh: Elektronen in einem der Orbitale des Moleküls können durch die Absorption von Lichtquanten geeigneter Wellenlänge in ...
- Versuch zur Trp-Zugänglichkeit: Warum unterscheiden ... Die messbare Emission der meisten Proteine rührt ausschließlich von Trp her. Dieser Fluorophor ist eine ausgezeichnete natürliche Reportergruppe, da die Emission stark von der Polarität der unmittelbaren ...
- Zum Unterschied von künstlich in Proteine eingeführte ... Nein, wäre es nicht gewesen. Die Fluoreszenzintensität der Proteine bzw. des freien Tryptophans ist nämlich nicht von der Konzentration der Proteine bzw. von Trp abhängig. Stern – Volmer Gleichung: ...
- Welche Aminosäureseitenketten (bzw funktionelle Gruppen) ... Für eine kovalente Modifikation sind reaktive Seitenketten bevorzugte Ziele: Primäre Aminogruppen: Lysine und terminal Aminogruppen Grund der Modifikation: die mögliche Rolle in der biologischen Aufgabe ...
- Zählen Sie wenigstens 3 Gründe für die gezielte ... Obwohl schon sehr oft gezielte Mutagenese verwendet wird, hat auch die chemische Modifikation noch ihre Gründe bzw ihre Aufgaben: o Untersuchung von Struktur- bzw. Funktionbeziehungen o Hilfe ...
- Welche Art der Modifikation (zu welchen Verbindungsklassen ... Modiart, Reagenz,Produkt, Kommentar AcetylierungAcetanhydrid Þ AnhydridAmidNeutralisiert positive Ladung Quantifizierung freier Aminorgruppen2,4,6-Trinitrobenzolsulfonsäure Þ SulfonsäureAmin FluoreszenzmarkierungFluoresceinisothiocyanat ...
- Warum haben wir für die Untersuchung der Lysin-Modifikation ... Durch die von uns durchgeführte Succinylierung von Aminogruppen „verschwindet“ eine positive Ladung, das Protein wird mit fortschreitender Modifikation relativ negativ geladen. Damit dieser Ladungsunterschied ...
- Warum führt man beim Experiment zur „Zählung" ... Durch die von uns durchgeführte Succinylierung von Aminogruppen „verschwindet“ eine positive Ladung, das Protein wird mit fortschreitender Modifikation relativ negativ geladen. Damit dieser Ladungsunterschied ...
- Bei den meisten Proteinen können sämtliche vorhandenen ... Die meisten Lysinseitenketten liegen auf oder nahe an der Oberfläche eines löslichen Proteins. Daher ist die Entfaltung meist keine Bedingung für die Modifikation. Es gibt allerdings durchaus interne ...
- Gleichgewichtsdialyse ist die klassische Methode zur ... Das Bindungsprotein befindet sich in einem Dialysesack, der in eine Lösung mit bekannter Ligandenkonzentration gegeben wird. → Einstellung eines Gleichgewichts Innerhalb und außerhalb der Dialysemembran ...
- Warum nimmt die von Trp herrührende Fluoreszenz des ... Durch die Bindung von ANS an an den Fettsäurebindungsstellen von BSA nimmt die Protein eigene Fluoreszenz ab. Somit wird BSA durch Bindung von ANS, welches bei 470 nm absorbiert gequencht. Der Quencheffekt ...
- Sie untersuchen 3 verschiedene Protein-Liganden-Bindungsgleichgewichte ... Vermutlich 10 µM 1M: relativ steiler Graph – sehr schnelle Sättigung- Messung verläuft in nur relativ kleinen Konzentrationsbereich, man muss hohe Konzentration sehr genau einstellen usw. generell ...
- Welche Parameter sollte man zum Beurteilen der möglichen ... Kaff: Affinitätskonstante, ist der negative Anstieg des Scatchard Diagramms, Affinität vom Protein zum Ligand Bmax: Maximale Bindung, sollte der eingesetzten Proteinmenge entsprechen, jener Wert des ...
- Die Darstellung von Bindungsdaten in Scatchard verleitet ... Es wird häufig ein konkaver Kurvenverlauf übersehen (wenn zwei nicht identische Bindungsstellen vorliegen, oder negative Kapazität zwischen solchen wirksam ist). Als Kontrolle sollte man [B] gegen ...
- Wie kann man Ligandenbindungs-Gleichgewichte untersuchen, ... Im Allgemeinen werden spektroskopische Methoden herangezogen. Ein Partner wird in steigender Konzentration zu vorgegebener Menge des zu bestimmenden Partners zugegeben und man die Veränderung des Messwertes ...
- Wir haben die Bindung von ANS an BSA ohne Protein-gebundenes ... Vorteil: Hohe Empfindlichkeit durch Radioaktivität geeignet für kleine Kaff Nachteile: Radioaktivität (Sondermittel, teuer)Es ist Trennung notwendig, da man sonst nicht von gebundenen-ungebundene unterscheiden ...
- Nach dem Aufbrechen des biologischen Materials folgt ... a) mechanisch: Elektr. Mixer, Ultra-Turrax, Homogenisierung nach Potter-Elvehjem bzw. Dounce, Schütteln mit Glaskugeln, Ultraschall, Zermahlen von Zellen mit flüssigem Stickstoff, Merkenschlager Homogenisator ...
- Für welche Proteine wird Ionenaustauschchromatographie ... Ionenaustauschchromatographie beruht auf der kompetitiven WW geladener Ionen. 1) Analyt bindet an geladene Positionen an stationärer Phase 2) Verdrängung des Analyten durch steigende ...
- Zählen sie einige Wechselwirkungen auf, die man sich ... Enzym – Substrat, Coenzym, Inhibitor, Effektor Antigen – Antikörper Hormonrezeptor – Hormon, Hormonderivat Repressorprotein – Corepressor, Derepressor Vitaminbindendes Protein – Vitamin, ...
- Bei sehr verdünnten Proteinlösungen kommt es auch ... Ultrafiltration unter Druck umgekehrte Dialyse (Sack mit wasserbindenden Substanzen wie Zellstoff, PEG außen die Wasser entziehen) Austauschergele
- Affinitätschromatographie ist teuer, aber sehr effizient. ... Beim Befüllen der Säule: Um ideale und gleichmäßige Flussgeschwindigkeiten zu erreichen peristaltische Pumpe verwenden.Gel nicht trocken laufen lassenKeine Luftbläschen, daher Schräg halten beim ...
- Gelfiltration führt normalerweise nicht zu sehr großen ... = Größenausschluß, Moleküle werden der Größe nach = der Permeation nach aufgetrennt, bei porösen Trägermolekülen dringen kleinere Moleküle in die Poren ein und brauchen länger zum Durchlaufen. ...
- Zum Nachweis zahlreicher Enzyme werden gekoppelte ... Gekoppelter Enzymtest ist: Produkt des ersten Enzyms ist das Substrat des zweiten Enzyms. Über die Aktivität, bzw das Produkt des zweiten Enzyms kann die Aktivität des ersten bestimmt werden (Reporterreaktion). ...
- Wie ändern sich im Verlauf einer Enzymisolierung ... a) steigt vielleicht leicht, wenn Inhibitoren entfernt werden; bleibt ansonsten gleich b) die gesamtProteinmenge sinkt. c) sp. Akt. = Akt. im Verhältnis zur Gesamtproteinmenge steigt stark Diagramm: ...
- Sie haben ein Protein laut SDS-PAGE homogen gereinigt. ... Sds -> unfolded proteins -> nicht 100% kann korrekt refolden -> nur ein bruchteil folded korrekt -> weniger aktivität/gramm protein da der anteil unfolded/missfolded grösser wurde