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Genetik der Pflanzen (Subject) / Praktikum 4 (Lesson)
- Bioinformatik Analayse von.. Genomics: vergleichende Analyse ganzer Genome (Evolutionsforschung, Pathogenitätsfaktoren) Transkriptomics: Expressionsprofile aller Gene im Verlauf der Entwicklung, in verschiedenen Geweben, als Reaktion auf externe Reize, bei Infektionskrankheiten, bei Erbkrankheiten / Mutationen, etc. Proteomics: Erfassung aller Proteine in verschiedenen Geweben und subzellulären Kompartimenten, etc. Metabolomics: Erfassung aller Metaboliten Interactomics: Erfassung aller Proteininteraktionen
- BLAST bedeutet … Basic Local Alignment Search Tool(Altschul et al., 1990) Standardsuchprogramm (Suchalgorithmus) für Sequenzdatenbanken sucht nach lokalen Übereinstimmungen (engl. alignment) auf Sequenzebene (Nukleotide, Proteine/AS) Abfrage per Web oder als e-mail kann für lokale Anwendungen auf dem eigenen Computerinstalliert werden (public domain)
- Verschiedene BLAST-Tools blastp Vergleicht eine Aminosäuresequenz mit einer Proteinsequenz-Datenbank (1)blastn Vergleicht eine Nukleotidsequenz mit einer Nukleotid-Datenbank (1)blastx Vergleicht eine Nukleotidsequenz, übersetzt in allen Leserahmen mit einer Protein-Datenbank (6)tblastn Vergleicht eine Proteinsequenz gegen ein Nukleotid- Datenbank, die dynamisch in allen Leserahmen übersetzt wird (6)tblastx Vergleicht eine in alle 6 Leserahmen übersetzte Nukleotidsequenz gegen eine in alle 6 Leserahmen übersetzte Nukleotid-Datenbank (36)
- Was steht in einem BLAST-Ergebnis? Tabelle mit kurzer Beschreibung aller Hits, sortiert nach aufsteigendem E-Wert Darstellung jedes einzelnen Alignments der Suchsequenz mit der Vergleichssequenz (siehe unten) Details zur prozentualen Identität und Ähnlichkeit, Score, E-Wert,Gaps
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