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Biologie (Subject) / Bioinformatik I (Lesson)
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- Restriktionsendonukleasen Nomenklatur: Name des Organismus + Nummer des Enzymsz.B. Escherichia coli Enzym1 = EcoRI Anwendung: - physikalische Kartierung (Restriktionskarten)- Klonierung- Southern-Blot Hybridisierung- RFLP Analyse (Genkartierung)
- sticky ends Die Erkennungssequenzen der Restriktionsendonukleasen vom Typ II bestehen meist aus palindromischen Sequenten von vier, sechs oder acht Basenpaaren. Der Schnitt kann gerade sein (engl. blunt ends, deut. stumpfe Enden oder glatte Enden, z. B. SmaI). Die Erkennungssequenz von SmaI lautet: 5'-CCCGGG-3'. Der Schnitt erfolgt zwischen dem C und dem G: Der Schnitt kann auch versetzt sein (englisch sticky ends, z. B. EcoRI). Die Erkennungssequenz von EcoRI lautet: 5'-GAATTC-3'. Der Schnitt erfolgt zwischen dem G und dem A:
- Isoschizomere und Neoschizomere Isoschizomere: gleicher Erkennungssequenz, schneiden gleich(SstI/SacI)Neoschizomere: gleiche Erkennungssequenz, schneiden unterschiedlichz.B.: SmaI XmaI CCC/GGG C/CCGGG GGG/CCC GGGCC/C
- Methylierungspaare Enzyme mit gleicher Erkennungssequenz aber unterschiedlicher Methylierungsabhängigkeitz.B.: Sau3A spaltet GATC und GAmTC MboI spaltet nur GATC DpnI spaltet nur GAmTC
- Ligasen verbinden z.B. DNA- Stränge an den sticky ends, z.B.T4 DNA Ligase (Bacteriophage T4): Verknüpft das 5‘-Phosphatende mit der 3‘-OH-Gruppe zweier DNA Stränge, oder einknüpfen von Genen in einen Vektor
- Kinasen z.B. T4 Polynucleotide Kinase (T4 Bacteriophage):- Überträgt das γ-Phosphat von ATP auf das 5‘-Ende von NukleotidenAnwendung:- phosphorylierung von PCR Produkten- 5‘-End Markierung von DNA, RNA und Oligonukleotiden so können andere Moleküle (z. B. Enzyme) aktiviert werden
- Transferasen katalysieren die Übertragung einer funktionellen Gruppe (z. B. einer Methylgruppe oder Phosphatgruppe) von einem Molekül (so genannter Donator) zu einem anderen Molekül (sogenannter Akzeptor) (Wikipedia) z.B. Terminale Desoxynucleotidyltransferase (B. taurus):- hängt Nukleotide an freie 3‘-OH GruppenAnwendung:- Homopolymerschwänze die dadurch an DNA gekoppelt wird- 3‘-End Markierung von DNA
- Reverse Transkriptasen z.B. M-MLV Reverse Trancriptase (Moloney Murine Leukemia Virus) - RNA abhängige DNA Polymerasen, 5‘-Exoribonuclease (RNase H, gibtes auch ohne), 3‘-Exoribonuclease- Erststrangsynthese von cDNA (RT-PCR Anwendungen)- Degradierung von RNA in RNA/DNA Hybriden
- Nukleasen Phosphodiesterasen = spalten Phosphodiester-Bindungen innerhalbvon Nukleinsäuren Exonukleasen = spalten vom Ende (entweder 5‘ oder 3‘ Ende) einzelneNukleotide abEndonukleasen = spalten beliebig innerhalb der Nukleinsäure, biskurze Oligonukleotide übrig sind
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