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Epigenetik und Chromatin (Subject) / VL4 (Lesson)
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- Welches Methylierungsmuster lässt auf fakultatives Heterochromatin schließen? H3K27 → E(z)/ Polycomb
- Welches Methylierungsmuster lässt auf konstitutives Heterochromatin schließen? H3K9 → Suv39
- Welches Methylierungsmuster ist typisch für aktive Gene? H3K36Me3 → Set2
- Was ist ein Insulator? - trennt Eu- und Heterochromatin; Trennung von reprimierter und exprimierter Region
- Was ist symmetrische Dimethylierung? wenn 2. Methygruppe an anderes N angefügt wird (nicht an selbes) Enzym: PRMT Klasse 2 Typ-2-Enzym
- Was ist asymmetrische Dimethylierung? 2. Methylgruppe wird an das selbe N wie erste Methylgruppe angelagert Enzym: PRMT Klasse 1 Typ1- Enzym
- Demethylierung durch Oxidation mittels Amin-Oxidasen → LSD= Lysin specific demethylases Substrat: me2, me1
- Demethylierung durch Hydroxylierung Enzyme haben Jumonji- Domäne → Jumonji- Domäne- Proteine Substrat: Me3, Me2, Me1
- 2 Arten der Lysin-Demethylierung 1. Demethylierung durch Oxidation - Enzym eine Amin- Oxidase → LSD: Lysin Specific demethylase - Substrat: me1, me2 - am Ende entsteht Formaldehyd - braucht CoEnzym FAD+ 2. Demethylierung durch Hydroxylierung - Enzym: Jumonji- Domäne- Proteine - Substrat: me3, me2, me1
- 2 Arten der Arginin- Demethylierung 1. Methylarginin wird in alternative AS Citrullin umgewandelt Enzym: PADI4 2. Jumonji- Proteine demethylieren Arginin - erst Hydroxylierung dann Eliminierung
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- Reader der Lysin-Methylierung 1. PHD-Finger 2. Chromodomänen 3. Tudor- Domänen 4. PWWP- Domänen 5. BAH-Domänen 6. WDR-Domänen 7. MBT- Domänen
- Wie kann man Modifikationen lokal detektieren? Chromatin-Immun-Präzipitation 1. Cross-Link einführen mit Formaldehyd 2. Chromatin zerstückeln: "Chromatinschere" 3. Immunpräzipitation mit AK 4. Cross-Link entfernen 5. Analyse: rtPCR, Microarray, Sequenzierung,...