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Bioinformatik (Subject) / alles (Lesson)

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• Datenbanke: was machen sie welche gibt es? sammeln biologische daten. DNA Ebene: NCBI, EMBL,RFAM, GEO, GENEVESTIGATOR KEGG -> pathways, SMART: domänen, PRODOM:domänen Proteinstrukuturen: SCOP, CATH, PDB OMIM: von sequenz zur genetischen Erkranung -> Phänotyp verstehen PlateletWEB -> Protein, Phosphorylation, Interactions STRING -> Protein interactions
• Programme -> analysieren seuenzen aus motive, funktionale domänen, struktur, statistische analyse, vorhersagen und interaktionen BLAST, TESS RNAanalyzer, RNAFOLD, miRNAscan prosite (-> motivsuche) Rasmol (3d struktur von Protein)
• Simulationen: Proteine faltung, metabolische zusammenhänge, signalkaskaden SQUAD -> regulatory network
• was ist im Genom? 1. Repeated sequences -> zum Beispiel LINES, SINES 2. Unique Seuences -> non repetitive DNA which is neither introns or exons -> Genes (mostly intronic regions)
• NCBI National center for biotechnology information -> good entry to all sorts of databanks
• OMIM -> gene und damit assozierte Phänotypen/krankheiten -> verstehen von Phänotypen
• BLAST -> search of amino acid or nucleotide sequence against a database welche algorythmen gibt es? -> based on local, pairwise alignments ALgorythmen: blastn (DNA), blastp (protein sequence), Psi-Blast ( finds distant relatives of proteins) 
• BLAST = schnelleres FASTA -> two Hit Methode.  1. auffinden von Hits einer bestimment länge. -> scoring matrix: wenn bestimmter treshold überschritten wird -> 2. suche nach 2. Hit (in festgelegtem abstand) 3. Ausdehnung der Hits bis sich der score nicht weiter erhöht
• BLAST Twilight zone -> nur geringe überschneidung  -> Frage: sind die sequenzen verwandt? -> search back / rückwertsuche: treffersequenz verwenden und sehen ob man ausgangsequenz findet 
• Verifying BLAST results -> posite: motive  -> SMART -> domänen (z.B BROMO domain = DNA binding) -> AnDom -> domänen charge distribution: 3d structure. 

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