Bei der Ösophagusatresie finden sich sowohl Formen mit, als auch ohne Fistelbildung zur Trachea. Pränatal findet sich oft ein Hydramnion, und nach der Geburt kann über das Einlegen einer weichen Magensonde und eine Thorax-Abdomenaufnahme die im Blindsack aufgerollte Sonde dargestellt werden. Nach dem ersten Füttern kann durch eine ösophago-tracheale Fistel Speisebrei in die Lunge gelangen und zu einer Aspirationspneumonie führen. In der Regel spucken jedoch Neugeborene mit einer Ösophagusatresie alles wieder aus. Bei einer ösophago-trachealen Fistel zum distalen Ösophagus ist Luft im Verdauungstrakt nachweisbar (Beweis über Abdomen-Leeraufnahme!). Durch die Gabe einer geringen Menge eines nicht-ionischen Kontrastmittels können auch feine Fistelgänge dargestellt werden.