Ursache unbekannt: es sind jedoch einige Theorien zur Entstehung der Endometriose aufgestellt worden:

• Die wohl wahrscheinlichste Theorie geht davon aus, dass die während der Monatsblutung (Siehe auch Regelblutung) ausgestoßene Gebärmutterschleimhaut anstatt zur Scheide hin (nach vaginal) nun rückwärts durch die Eileiter bis in den Bauchraum (retrograde (umgekehrte) Menstruation) gelangt und sich hier auf dem Bauchfell festsetzt.
• Die zweite Theorie besagt, dass auch unter normalen Umständen häufig Gebärmutterschleimhaut in den Bauchraum gelangt, aber unmittelbar vom gesunden Abwehrsystem der Frau erfolgreich bekämpft wird. Bei Endometriose scheint diese Abwehr eingeschränkt zu sein, so dass sich die fehlgeleitete Gebärmutterschleimhaut ungehindert am Bauchfell festsetzen kann.
• Andere Theorien gehen von einer Verschleppung von Zellen der Gebärmutterschleimhaut aus der Gebärmutter durch Blutgefäße oder Lymphgefäße aus – zum Beispiel in die Lunge.
• Da eine Häufung von Endometriose in bestimmten Familien zu beobachten ist, ist auch eine genetische Veranlagung möglich.