Saure und basische Aminosäureseitenketten der Proteinoberfläche dissoziieren entsprechend dem umgebenden pH-Milieu.

Für jedes Protein gibt es einen pH-Wert, bei dem sich positive und negative Ladungen aufheben, und der von der jeweiligen Aminosäuresequenz abhängt.An ihrem IEP gleichen sich positive und negative Einzelladungen aus. Das Molekül erscheint in der Summe ungeladen und wandert nicht im elektrischen Feld.