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Biophysikalische Chemie (Fach) / 6.12. (Lektion)

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• Docking & Scoring erklären Target based design Wo und wie dockt Protein an? Wenn Protein-Ligand-Komplex bekannt: Docking viele Programme erhältlich, potenzieller Ligand soll in Bindetasche eingepasst werden --> Moleküle aus Datenbank genommn & 3D-Struktur & gedockt; bei flexiblen Moleküle: Database Method (verschiedene Konformationen abgespeichert & rigide gedockt), Conformational Search (jede frei-drehbare Bindung des Liganden in fixen Inkrementen um 360° gedreht), Fragmentation Methods entweder Place and join (in Fragmente unterteilt, einzeln gedockt & dann kovalent verbunden), Incremental Approach (zuerst rigider Kern gedockt, flexible Regionen später dazu), stochastische Methoden (zufällig erzeugte Konformationen gedockt; Monte Carlo, genet. Algorithmen, Tabu Search); ausgefiltert, was überhaupt nicht passt, dennoch viele Mglk. bewertet mit Scoring: Bindungsmodus wird hinsichtlich erwarteter Affinität bewertet --> Interaktionsenergien so gut wie möglich berechnet --> 1 Ligand: welcher Bindungsmodus am besten, mehrere Liganden: welcher Ligand bindet am besten?
• Wie kann man die Binding Site wählen/identifizieren? wenn bekannt: z.b. Kristallisat, ideal für Docking-Experimente; wenn bekannt, aber nicht genau charakterisiert: Hotspotanalyse; wenn nicht bekannt: Methoden zur Identifizierung bzw on Funktion zum Bindemodus Identifizierung: potenzielle Bindungsstellen durch Einkerbungen erkannt; geometrische Berechnungen, physikochemische Interaktionen (Oberfläche des Proteins mit Fragmenten/ ganzem Liganden gescannt), Vgl von homologen Proteinen (ähnl. Funktion, ähnl. Bindungstasche)
• Was ist ein Pharmakophormodell? räumliche Anordnung von Interaktionsfeatures, die für WW mit dem Zielprotein verantwortlich sind & damit biolog. Response auslösen oder blockieren; Pharmakophor "größter gemeinsamer Nenner" jedes Moleküls, das am Rezeptor angreift Vorgangsweise: man nimmt zb 20 aktive Verbindung, schaut, ob darunter gemeinsame Anordnung der Pharmakophore & erstellt Pharmakophormodell --> Datenbanken screenen, weitere aktive Verb. strukturbasiertes Pharmakophormodell: Verbindung aus Pharmakophormodell & Docking--> Kristallisat notwendig, nicht alle Proteine kristallisierbar
• Prinzip CoMFA, VT, NT, Anwendungsmglk Comparative Molecular Field Analysis; man hat 3D Gitter, Moleküle des Trainingssatzes werden einzeln & aligned plaziert, dann entweder H+ (zum berechnen elektrostatischer WW, über ColoumbPotenzial) oder C (zum berechnen sterischer WW über Lennard-Jones-Potenzial) in jedem Gitterpunkt plaziert & WW-Energie berechnet; SEHR viele Daten --> PLS (Partial Least Squares Analyse) zur Reduktion Anwendung: zur Berechnung von WW VT: man kann sagen, wo Ladungen gut wären; man kann sagen, wo Platz für bestimmte Substituenten wäre & in welche Richtung plaziert NT: nur für sehr ähnliche Moleküle, viele Daten (muss man dann erst reduzieren)
• Indikatorvariablen werden verwendet, um bestimmtes Charakteristikum zu beschreiben, das über kontinuierliche Variablen nicht beschrieben werden kann z.b. bestimmte Gruppe da oder nicht? cis/trans? ortho Effekte,....
• Hansch-Analye, was ist das? Vorraussetzungen? Validierung? VT, NT Unterschiede in chemischer Struktur korrelieren mit Änderungen der biolog. Aktivität mittels multipler linearer Regressionsanalyse (v.a. ClogP über Sigma Hammet); Gleichungen mit  verschiedenen Kombinationen der Parameter überprüft; über statistische Auswertung beste Gleichung gefunden; z.b. Aussage über höchste vorhergesagte Aktivität einer Verbindung Vorraussetzungen: nur für ähnliche Verbindungen, mindestens 4-5 Verbindungen pro Deskriptor, Deskriptoren dürfen nicht interkorreliert sein, Aktivitätsunterschiede mind. 2 Zehnerpotenzen (weil auch nat. Schwankungen auftreten können), mglst. großer Bereich, Hypothese dahinter, alle Koeffizienten statistisch relevant Validierung: r (mglst groß), s (mglst klein), F, leave n out Crossvalidierung (PRESS: Unterschied zwischen Realität und Vorhersage; immer n- meist 1- Substanz weglassen, Gleichung erstellen und vorhersagen) VT: komplexe Systeme mit einfach zu ermittelnden Daten beschrieben, Vorhersage quantitativ innerhalb bestimmter statistischen Unsicherheit, einfach &billig, Vorhersage noch nicht synthetisierter Verbindungen mgl NT: nur Leistubstanzoptimierung, keine neuen Verb., Parameter müssen für alle im Datensatz verwendeten Substituenten verfügbar sein, viiiele Verbindungen testen für entsprechende Glaubwürdigkeit, keine Scheu vor PC & Statistik,....
• 3D QSAR 3d Quantitative-Struktur-Aktivitäts Beziehung; Zusammenhänge zwischen chemischer Struktur & biolog. Aktivität --> Wahl der Konformation mitentscheidend für Ergebnis --> 3D Modelle, entscheidend für Screening und Vorhersagen; nur dann ermittelt, wenn alle auf gemeinsame Art im 3D Raum orientiert; so übereinander, dass möglichst wenig Unterschiede (Alignement- sonst stellt man Unterschiede fest, wo gar keine sind); müssen manuell vom Experimentator plaziert werden (dauert sehr lange & Ergebnis vom Experimentator abhängig); immer mit mglst. rigider Verbindung beginnen
• Vor- und Nachteile Röntgenstrukturanalyse, allg Ablauf VT: bei hoher Auflösung definitive Aufklärung der Moleküle, Angaben über Bindungswinkel- und längen mgl NT: flexible Regionen oft nicht erfasst, Protein muss in Kristallstruktur übergeführt werden (oft nicht mgl, Konformation tw. anders), keine Aussage über Dynamik mgl, oft viele Kristallisationsversuche notwendig Ablauf: Protein zuerst Isolieren & Bestmöglich reinigen- sehr viel notwendig; dann Kristallisieren: Hanging drop method: Kammer mit Deckglas, auf dessen Unterseite Tropfen aus Protein mit Präziptans & LM, in Kammer doppelt so konzentrierte Lösung aus Präziptans & LM --> Konzentrationsausgleich durch Dampfdestillation Kristall wird dann in Goniostaten eingespannt, Röntgenstrahlen (Strahlungsquelle: Drehanoden-Röntgengenerator, Synchotron) durchgeschickt, Beugungsdaten aufgenommen
• NMR, VT& NT, Ablauf VT: Proteindynamik erfassbar, auch flexible Bereiche sichtbar, kann direkt in Lsg gemessen werden & muss nicht kristallisiert werden NT: nicht nur 1 Struktur, sondern viele (da dynamisch), ab bestimmter Größe Signalüberlagerungen- manche nicht mehr sichtbar, Verbreiterung durch langsame Bewegung, nicht für Membranproteine beruht auf WW des magnetischen Moments eines Kerns in einem starken, homogenen Magnetfeld; Aufspaltung abhängig von chemischer Umgebung Torsionswinkel gemessen, berechnen der Tertiärstruktur aus AS-Sequenz, empirischen Eingeabedaten, Abstandsdaten & Torsionswinkel außerdem: Bindungsmessungen (Signal bei halber Peakbreite, wenn breit behindert, wenn schmal flexibel), SAR, Analyse der Interaktionen auf molekularer Basis
• Elektronenmikroskopie, Kryoelektronenmikroskopie VT&NT Transmissionselektronenmikroskop ähnlich Lichtmikroskop, im Vakuum, Abstände unter 2 A können sichtbar gemacht werden, auch Einzelmoleküle & Membranproteine mgl; Bei WW der Elektronen mit Atomen des Moleküls: Streuung: unelastische mit e-, elastische mit Protonen VT: Einzelmoleküle &Membranproteine abbildbar, hohe Auflösung NT: hoher präparativer & methodischer Aufwand, sehr teuer, Schädigung der Proben durch Elektronenschal (invasiv), im Vakuum, oft Schwermetallbelastung notwendig Kryoelektronenmikroskopie: schnelles Einfrieren der Probe VT:  mechanische & elektromagnetische Stabilität (bei EM nur wenige Messungen mgl), Strahlenresistenz, durch Mittelung der Bilder besseres Signal-Rausch-Verhältnis NT: viel schlechtere Auflösung, im besten Fall sekundärstruktur erkennbar, aufwändig, teuer, gekühlte Objektivlinsen nötig
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• Welche Methoden zur Konformationsanalyse gibt es? +VT/NT 3 Methoden: Systematic Search, Random Search, Moleküldynamiksimulation Systematic Search: Jede frei drehbare Bindung wird um einen bestimmten Winkel gedreht, bis einmal ganz herum --> z.b. 11 frei drehbare Bindungen, immer um 30° drehen (Torsionswinkel)--> 11^12 Mglk.; VT: alle Mglk. erfasst, relativ rasch, da keine E-Minimierung notwendig NT: auch unmgl. Strukturen berücksichtigt, ohne nachfolgende Minimierung nicht exaktes globales Minimum, große Datenmengen Random Search: Torsionswinkel wird zufällig geändert, erhaltene Startstruktur wird energetisch minimiert & Minima abgespeichert; üblicherweise 100e Zyklen, hohe Chance relevante Minima aufzufinden; VT: rasch, guter Überblich; NT: nicht sicher, ob tats. globales Minimum Moleküldynamiksimulation: Molekül wird am PC aufgeheizt,beginnt zu schwingen & Bewegungsablauf verfolgt & in best. Abständen Geometrie abgespeichert, die als Startpunkt dienen; je höher Temp., deso mehr Flexibilität & Bewegungsverhalten simuliert; NT: rechnerisch sehr aufwändig- für kleine Moleküle gut aber nicht für Proteine
• Methoden zur Energieminimierung, Erklärung + VT/NT Kraftfeldmethode: "Atome als Kugeln mit dazwischen gespannten Federn" --> je "gespannter" desto schlechter; Energie wird berechnet indem man folgende 4 Faktoren einbezieht: Torsionswinkel, Bindungslänge, Bindungswinkel, nichtkovalente WW; dann bezieht man sich auf "Standardwerte"  und vergleicht mit bestehenden Werten; unterschiedliche Kraftfelder vorhanden, manche beziehen sich auf Proteine (haben dann zb keine Werte für Platin), andere auf kleine Moleküle, ander auf Bedingungen in Vakuum, andere in wsrg Umgebung usw --> Wahl des richtigen Feldes; VT: durch Näherungen nicht so kompliziert --> auch mit rel. kleinem Notebook mgl.;; NT: Wahl der Startgeometrie beeinflusst Ergebnis (zwar lokales Minimum aber nicht unbedingt globales), Wahl des Systems beeinflusst Ergebnis (viele für Vakuum parametrisiert, aber meist ja in wsrg. Umgebung- mit Dielektrizitätskonstante umrechnen), Atomtypen müssen zugewiesen werden, was bei Grenzstrukturen manchmal nicht einfach ist Ab initio Methoden/ Quantenmechanische Rechnung: mithilfe Schrödinger Gleichung über Elektronendichteverteilung direkt berechnet --> nicht nur Näherungen VT: man hat genaue Werte, nicht nur Annahmen/Näherungen, mit (beinahe)beliebiger Genauigkeit mgl; NT: extrem viel aufwändiger, schon bei kleineren Molekülen, extrem hohe REchenzeit- und kapazität notwendig, Programme meist ohne grafische Oberfläche, hohe Genauigkeit ist für QSAR gar nicht notwendig (da dort ja Ranking notwendig und keine absoluten Werte) Semiempirische Verfahren: "Kompromiss" zwischen ab initio & Quantenmechanischen Verfahren --> elektron. Betrachtung, aber Integrale durch Näherungen ersetzt; VT: einfacher als Quantenmechanik: drastische Reduktion der Rechenzeit, viel schneller, am PC durchführbar, elektron. Parameter besser als mit Kraftfeld; NT: verminderte Genauigkeit im Vgl. zu ab initio
• Was besagt die "Lipinsky Rule of Five"? bezieht sich auf 4 Parameter: H-Brücken-Donoren, H-Brücken-Akzeptoren, ClogP & Molekulargewicht; für diese Parameter Grenzwerte vorgegeben (alle durch 5 teilbar, daher "Rule of five") --> je mehr überschritten, desto eher schlechte orale Bioverfügbarkeit; stimmt aber nicht unbedingt --> auch Substanzen außerhalb der Grenzbereiche oft gute ASt.
• Autokorrelation Konnektivity; eine Eigenschaft wird über einen bestimmte Distanz betrachtet (2D: Bindungen, 3D: Angström); z.b. Molekulargewicht über 3 Bindungen, daraus Zahl berechnet
• Taft-Gleichung zur Beschreibung sterischer Effekte
• Hammet-Gleichung, wofür, was ist Sigma Hammet Konstante Hammet Gleichung stellt einen quantitativen Zusammenhang zwischen Struktur und Reaktivität dar --> elektronische Einflüsse von Substituenten sind ähnlich --> Zahl zuordnen und Geschwindigkeit einer neuen Reaktion abschätzen --> Sigma-Hammet-Konstante: hängt von elektronischen Einflüssen und Stellung des Substiuenten ab: je stärker elektronenschiebend desto negativer, je stärker elektronenziehend desto positiver; in p-Stellung: von induktiven Effekten & Resonanzeffekten abhängig; in m-Stellung nur von induktiven Effekten logk/k0=rho*sigma
• Lipophile- wieso wichtig, wie bestimmen? damit ASt. vom Körper gut aufgenommen werden kann, muss er sowohl mit hydrophilen als auch lipophilen Phasen wechselwirken --> opt. Verhältnis notwendig logP... P Verteilungskoeffizient zwischen Wasser- und Octanolphasen Mglk. zur Ermittlung: experimentelle Methoden: shake flask: Scheidetrichter mit Wasser und Octanol, Substanz in wsrg. Phase gelöst, schütteln & Konz. in Phasen messen (UV/Vis, HPLC); NT: man muss Octanolphase mit Wasser & umgekehrt sättigen, damit sie sich nicht mischen; Konzentrationsbestimmung v.a. bei hohen logP Werten Problem (untersch. Volumina, z.b. 1:100, dann jedoch evtl keine gute Phasentrennung), Wert temp.abhängig, sehr große Schwankungen,... HPLC: logka bestimmt (proportional zu logP- bei QSAR sowieso nur Ranking), vor allem RP8 verwendet, als Elutionsmittel nicht reines Wasser (würde nicht gehen), sondern in versch. Konzentrationen mit organ. Modifier (z.b. Methanol) und auf 0% Modifier hochrechnen; VT: viele Verb. in kurzer Zeit mgl.; NT: nicht immer lineare Beziehung, oft lange Retentionszeiten, sehr breite Peaks,.... rechnerische Methoden: Inkrementmethode (nach ua. Hansch): Ermittlung für Substituentenkonstanten für Beitrag einer Gruppe zur Lipophilie (z.b. 2 Moleküle, die sich in einem Merkmal unterscheiden, 4x mit anderen M. wiederholen --> wie hoch Beitrag zur Lipophilie)NT: komplexe Gruppen oft nicht parametrisiert Atombasierte Methode (Broto): jedes Atom bestimmter Beitrag; weniger genau als logP weil Summe der Werte für einzelne Atome weniger komplex --> je größere Fragmente bestimmt werden, desto genauer Regressionsmodelle: Moraguchi-logP --> zus. noch Regressionsmodell dazu Rekker: "magic constant" --> für jede frei drehbare Bindung Faktor dazu mit Argument "entropischer Beitrag" --> allerdings auch nicht genau
• Was ist ein Deskriptor? Welche gibt es + Bsp Ein Deskriptor ist eine Arbeitsvorschrift wie man eine chemische Struktur in einen Zahlenwert übersetzen kann 1D-Deskriptoren (nur Sequenz ben.): Molekulargewicht, Anzahl polarer Atome,... 2D-Deskriptoren (2D-Struktur): physikochemische Eig. wie Lipophilie, sigma Hammet, sterische Deskriptoren, ... i3D-Deskriptoren (auf 3D Struktur aus 2D rückschließen): van der Waals Oberfläche, polare van der Waals Oberfläche,... 3D-Deskriptoren konformationsabhängig- 3DStruktur notwendig
• Was sind Isostere/Bioisostere +Bsp. Isostere: Moleküle, Ionen, Atome deren äußere Elektronenschale als ident angesehen werden kann; z.b. -CH3, -NH2; Benzol Thiophen,... Bioisostere: chemisch oder physikalisch ähnliche Substituenten die ein weitgehend gleiches biologisches Wirkprofil zeigen; Leitstruktur durch bioisostere Modifizierungen verändern um z.b. Toxizität zu verringern, Aktivität oder Metabolismus zu beeinflussen; entweder mit klassischen Isosteren wie Benzol gg. Thiophen oder mit nichtklassischen Bioisosteren wie Carboxyl durch Tetrazol ersetzt; heutzutage meist mitpatentiert
• Homologie-Prinzip immer um eine konstante Einheit (z.b. CH3) verlängert; oft zuerst Wirkungsverstärkung, dann Wirkungsverlust; optimales Verhältnis Lipophilie:Hydrophilie
• Was ist QSAR? Was braucht man zum Erstellen einer Gleichung?Welche Vorraussetzungen? Wie kann man es validieren Quantitative Struktur Aktivitäts Beziehung: quantifiziert Zusammenhang zwischen Struktur & biolog. Aktivitiät --> mathematische Modelle/Gleichungen, validiert über: r^2, Q^2, Cross n Out Validierung Vorraussetzungen: chemisch ähnliche Strukturen --> am gleichen Target binden, Aktivitätsunterschiede min. 2-3 Zehnerpotenzen, biologisches Testsystem das mit genügend hoher Präzision bestimmt, mind. 4-5 Substanzen pro DEskriptor, idealerweise Hypothese dahinter multiple lineare Regresssionsanalyse
• Mikrokalorimetrie 2 Zellen, 1 Proben- 1 Referenzzelle; Referenzzelle wird kontinuierlich leicht geheizt, Probenzelle feedbackkontrolliert auf gleicher Temp. gehalten; wenn Ligand dazu und Reaktion abläuft: entweder Temperaturabnahme oder zunahme --> positiver oder negativer Strompeak; bei bekanntem Heizwiderstand, kann man aufgenommene/abgegebene Energiemenge pro Zeiteinheit berechnen
• ITC isotherme Titrationskalorimetrie: gemessen wird Wärmemenge die während Reaktion aufgenommen/ abgegeben wird; thermostatisierte & isolierte Proben- und Referenzzelle, sehr langsam aufgeheizt,...; Bestimmung von Bindungskonstanten, -enthalpien, -entropien, Wärmekapazitätsänderungen,... im Zuge von Ligandenbindungsphänomenen bei versch. Temperaturen; zur Charakterisierung von Wechselwirkungen, Polarität & Ionisierungsprozesse der Bindungstasche; NICHT bei Ag-AK-Reaktionen
• DSC Differential Scanning Calorimetrie: Wärmeaufnahme/abgabe als Funktion der Temperatur; viel schneller aufgeheizt als bei Isothermer Titrations Kalorimetrie, wenn z.b. Phasenübergang in Probenzelle, nimmt sie mehr Strom auf, danach höhere partielle spezifische Wärmekapazität; Anwendung: zb Stabilitätsprüfung von Proteinen, Entfaltung/Denaturierung, Bestimmung von Phasenübergängen, Fluidität der Membran etc
• SPR Surface Plasmon Resonance; dünner Edelmetall-Film (Gold), wenn Laserstrahl drauf trifft, dann Resonanz in bestimmter Wellenlänge- abhängig von Grenzfläche; wenn Grenzfläche verändert, ändert sich Resonanzfrequenz --> sehr einfach und mit höchster Präzision kleinste Konz.veränderungen messbar; Anwendung: IC/EC50, kon/koff, Stärke der Interaktion, Kinetik, Quantifizierung, Ag/AK-Reaktion, Kooperativität
• Lineweaver-Burke Diagramm Michaelis-Menten-Gleichung so umgeformt, dass man den reziproken Wert der Substratkonzentration gegen den reziproken Wert der Geschwindigkeit erhält  dadurch kann 1. vmax genauer abgelesen werden und 2. können Informationen über Enzymhemmung wiedergegeben werden wenn kompetitive Hemmung: vmax bleibt gleich --> Geraden schneiden sich auf der y-Achse wenn nichtkompetitive/allosterische Achse --> vmax  unterschiedlich, aber Km bleibt gleich --> Gerade schneiden sich auf x-Achse
• Michaelis-Menten-Konstante steht für die Konzentration bei der die halbmaximale Geschwindigkeit erreicht wird; wenn [S]<KM --> Reaktionsgeschwindigkeit abhängig von [S]; wenn größer: unabhängig
• Erklären Sie die Dosis-Wirkungskurve. Welche Bedeutung haben IC50, EC50 Grafische Darstellung der untersuchten Wirkung (Y-Achse) in Bezug zur verabreichten Dosis (X-Achse) Auf der X-Achse wird die Dosis, auf der Y-Achse die Aktivität aufgetragen; bei halblogarithmischer Darstellung (X-Achse logarithmisch) sigmoidaler Verlauf EC50: Konzentration die nötig ist, für einen 50% Effekt IC50: Konzentration die nötig ist für eine 50% Inhibierung --> als Maßzahlen für Vgl. herangezogen
• Was hat freie Enthalpie mit der Ggw. konstante zu tun? Bei konstantem Druck & Volumen, zeigt eine Reaktionsmischung das Bestreben, ihre Zusammensetzung so lange zu ändern, bis Delta G ein Minimum erreicht --> Equilibrium. Dort entspricht der Reaktionsquotient Q der Ggw.konstante
• Target Based Design, 2 Mglk. 1) De novo design: Man nimmt aktive Fragmente aus der Datenbank, die, die am besten passen werden verknüpft -->direkt an binding site selektiv bindenden Liganden; NT: Bioverfügbarkeit & Synthetisierbarkeit evtl. nicht gegeben 2) Docking (evtl in Kombi): optimale Positionierung des Liganden in der Binding Site, evtl zusätzlich Scoring um besten Bindungsmodus zu finden (reiht Ergebnisse des Dockings)
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• Erklären Sie Möglichkeiten zur Bestimmung & Berechnung der Sekundärstruktur von Proteinen Bestimmung: NMR, Röntgenstrukturanalyse, (Kryo)elektronenmikroskopie Berechnung: mittels Vorhersagetools (stat. Hfgk einzelner AS in best. Sekundärstrukturelementen) Hydrophobicity Plot: den einzelnen Aminosäuren werden Zahlen zugeordnet, je nach dem wie hydrophob sie sind; wenn viele hydrophobe AS hintereinander, wahrscheinlich Transmembranäre Region Ramachandran Plot: anhand der Torsionswinkel, werden gegeneinander aufgetragen, a-Helices, b-Faltblatt erfordern bestimmte Wertekombinationen
• Was versteht man unter der Begriff "Homology-Modell" Welche Schritte sind zur Erstellung notwendig? Welche VT & NT hat Methode? Wie validieren? Warum ist Sequenz-Alignement so wichtig? Man versteht die Erstellung eines 3D-Modells eines Proteins (Primärstruktur ist bekannt) basierend auf einer experimentell ermittelten Struktur eines ÄHNLICHEN Proteins (mind. 25% Übereinstimmung) Template suchen in Datenbanken, mit Zielsequenz vergleichen & anpassen Alignement Optimierung Transfer der Koordinaten von strukturell konservierten Regionen vom Template auf Target --> 1. Strukturmodell Modeling der variablen Strukturen, Modeling der Seitenketten Optimierung des Modells (Energieminimierung, Moleküldynamik, Qualität des Moleküls,..) Fehlersuche (mittels Ramachandran Plot, Stereochemie) Validierung mittels Cystein Scanning (Aminosäuren durch Cysteine ausgetauscht & Crosslinks mit verschiedenen Spacern), Photoaffinity labeling (photoaktivierbare Liganden, Arylazide, Benzophenone) VT: bei hoher Sequenzähnlichkeit fast so gut wie experimentell bestimmte Struktur, auch bei rel. niedriger Sequenzidentität mgl (26%) NT: Regionen mit Gaps nicht zuverlässig modellierbar, wenn Template Struktur falsch, dann auch unser Modell Alignment: jede AS der zu modellierenden Sequenz wird einer AS auf unserem Template zugeordnet, so dass Reihenfolge erhalten bleibt und jede AS mit einer AS oder einem Gap verbunden ist; man beginnt bei strukturell konservierten Bereichen; wenn man hier einen Fehler macht, ist die gesamte Struktur falsch und es kann z.b. sein, dass die Bindungstasche verschlossen ist
• Was ist Threading? auch Fold Recognition, eine Mglk eine 3D-Struktur von Proteinen, die keine signifikante Ähnlichkeit zu bekannten Proteinen aufweisen, zu erstellen Man testet wie gut eine Sequenz in eine bestimmte Faltung passt (Scoring), da es nur eine begrenzte Mglk. an folds gibt, ist Zeit absehbar
• Ab initio Strukturvorhersage Vorgang der Faltung wird simuliert; allerdings nur für kleiner Moleküle möglich; man benötigt sehr starke Rechner

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