Molekulare Biologie - Bioinformatik: Wie Zellen die

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Biologie (Fach) / Molekulare Biologie - Bioinformatik: Wie Zellen die Genexpression kontrollieren (Lektion)

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Wie kann man die Funktion einer Proteinsequenz, die noch keine Funktion aus Experimenten zugeordnet bekam, mit drei verschiedenen Softwares oder Datenbankabfragen untersuchen? - BLAST: Sequenzvergleichssoftware, die mit lokalen Sequenz-Alignments funktionieren --> damit können vor allem hoch konservierte Sequenzen analysiert werden!!! - Pfam: Proteinfamiliendatenbank - ProDom: Datenbank für Protein-Domänen Familien
Entwickeln Sie ein einfaches Programm, das eine Promotorsequenz auf Transkriptionsfaktorbindestellen untersucht: Zählen Sie auf, aus welchen Teilen es bestehen würde und mit welchen Abweichungen/Fehlermöglichkeiten dieses Programm fertig werden müsste. - Eingangs- und Ausgangsteil (Einlese und Auslese) und Hauptschleife - In Hauptschleife Consensussequenz, Abstände und Bindestellen Fehlermöglichkeiten: - Daten unvollständig, - Varianten von Transkriptionsfaktorbindestellen
Erklären Sie wie man eine Promotorsequnz bioinformatisch einfach untersuchen kann (zwei Softwares/Datenbanken nennen und kurz beschreiben! Was geben sie jeweils aus? Welche Vorteile habe ich, wenn ich mehrere Datenbanken/Softwares vergleiche?) Datenbanken: - Gen-Expression Omnibus: besser für Tiere - NCBI GenBank --> Promotor einstellen - PRODORIC: speziell für Bakterien --> Geben bereits gemessene Daten aus Genexpressionsanalysen aus Programme: - Genomatix: Vorhersage/Analyse von Transkriptionsfaktorbindestellen - MotifMap: selbe Information wie Genomatix, aber schon vorgekaut Datenbanken geben bereits publizierte Daten aus, während Programme Vorhersagen aufgrund der Sequenz machen Bei Vergleich: man kann betrachten ob zwei Gene etwas miteinander zu tun haben
Nennen Sie zwei Datenbanken mit Informationen zu Genexpressionsdatensätzen (zwei nennen und kurz beschreiben)! - GenVestigator: besser für Pflanzen; durchsucht alle bereits publizierten Datensätze und auch unter welchen Bedingungen das Gen stark exprimiert wurde! - Gen expression Omnibus: besser für Tiere --> Bestimmten Organismus und Bereich auswählen --> Genexpressionsdaten nach Stimulus --> sieht wie sich Gen unter bestimmten Bedingungen verändert