Molekulargenetik (Fach) / Genomsequenzierung (Lektion)
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- Mitochondrial DNA (mtDNA) Anzahl Basenpaare + Gene ... Anzahl Basenpaare und Gene: ca. 16'000bp, 37 Gene → mtDNA besitzt eigenen genetische Code (d.h. 3 Buchstaben geben AS) Aufgaben: ATP-Gewinnung Vererbung: rein maternal (mt des Spermiums werden nicht ...
- Sequenzierung des Kerngenoms 2 Strategien + Eigenschaften ... clone by clone: sehr genau, langwierig, teuer whole genom shotgun: höheres Risiko von Assembly-Fehlern, schnell, kostengünstig + hybrid strategy = Kombination der beiden Strategien
- Clone by clone Fragmente Vektor + Insert BAC Contig ... Vektor + Insert: Vektor = E. coli-Plasmid an 13'000bp + Restritkionsenzym → schneidet 1'000bp raus → Platz für Insert (via Ligase + Transformation in Bak) Insert = 200'000bp welche durch wenig (damit ...
- Assembly Vorgehen 1. Erzeugung der Sequenzen auf automatische Sequenziergeräten 2. base calling: Basen + Qualitätswerte werden aus Rohdaten ermittelt 3. vektor und Qualitättrimming: Entfernen von Vektorsequenzen und ...
- whole genom shotgun Vorgehen Säugergenom → shotgun library → 30 Mio Einzelsequenzen → Zusammensezten der Sequenz → Problem: Assembly im Bereich repetitiver Sequenzen, Unterschiede zwischen den beiden Allelen → Überlappung ...
- modernere Verfahren Vorteile und Nachteile + enorme Durchsatzsteigerung + wesentlich kostengünstiger - kürzere Leseweite (nur 200bp) - Assemblierung schwierig