Bioinformatik (Fach) / Vorlesung (Lektion)
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Vorlesungszusammenfassung
Diese Lektion wurde von dadak erstellt.
- Was sind Orthologe? Wenn ein Gen und das Protein in unterschiedlichen Species Funktional verwandt sind und einen Gemeinsamen Vorläufer haben. Bsp :Hämoglobin
- Wofür steht SNP? SingleNucleotidePolymorphism
- Was ist eine Transition? ist eine Mutationsursache bei der die Nucleobasen Charakter beibehalten wird
- Was ist eine Transversion? ist eine Mutationsursache bei der eine Purinbase durch eine Pyrimidinbase substituiert wird.
- Wie lautet die Formel mit der die Neutralen Mutationen mit der Zeit akkumulieren? d=2mt m=Mutationsrate d=differenz zwischen Sequenzen
- Was bestimmt die Struktur und Funktion der Proteine? Ladung Grösse Hydrophobizität pH
- Wofür sind Chaperone (Anstandsdame) da? sind Proteine, die neu synthetisierten Proteinen „helfen“, sich korrekt zu falten
- In welche Richtungen können Proteine sich winden? Parallele ß-Faltblat Anti-Paralle ß-Faltblatt rechtsdrehende @-Helix linksdrehende @Helix
- Welche bereiche von Proteinen sind Hochvariabel? Loops an der Aussenseite von Helices
- Welche bereiche von Proteinen sind Variabel? die Enden von Helices
- Welche Bereiche von Proteinen sind Konserviert? der mittlere Bereich von Helices
- Welcher Bereich von Proteinen ist Hochkonserviert? Hydrophober Kern funktionale Reste
- Wie wird die Protein-Struktur und Funktion bestimmt? durch die abfolge von Hydrophoben und Polaren Resten von Aminosäuren.HP-Muster
- Was ist das Fremdwort für Stammbaum? Phylogenie
- Was macht die molekulare Phylogenie? verwendet Sequenzaehnlichkeiten Bzw. Sequenzunterschiede zur Rekonstruktion der Bäume
- Was ist ein Kladogram? Ein Stammbaum der nur Gruppen ohne Längen zusammenfasst
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- Was ist Monophylie? die Entwicklung einer Artengruppe aus einer ihr gemeinsamen Stammart
- Was ist eine Paraphylie? das Taxon (Gruppe) hat zwar eine gemeinsame Stammform, enthält aber nicht alle Taxa, wie es beim Monophylum der Fall ist
- Was ist Polyphylie? die Gruppe hat keine gemeinsame Stammform
- Welche Typen der Restriktionsenzyme gibt es? Typ 1--->schneidet weit weg von der Erkennungssequenz---1000bp Typ 2--->Bindungs+Schnittstelle Identisch--Puffer wichtig Typ 3--->schneidet 15-25 Bp entfernt
- Was sind Isochizomere? Gleiche Erkennungssequenz und Schnittstelle von 2 Restriktionsenzymen.
- Was sind Neoschizomere? Gleiche Erkennungssequenz und unterschiedliche Schnittstelle von 2 Restriktionsenzymen.
- Wovon hängt die Schnittfrequenz ab? vom GC Gehalt
- Was macht die DNA Ligase? Sie verknüpft das 5´Phosphatende mit dem 3´OH Ende zweier DNA Stränge.
- Welche bedingungen müssen bei der Ligation vorhanden sein? Mg 2+ ATP
- Wozu sind Phosphatasen da? Sie Hydrolisieren 5´Phosphatgruppen von DNA,RNA Um die Religationsrate zu erhöhen
- Wozu sind Kinasen da? 5´Phospholierung von OH Enden
- Was machen Transferasen? hängen Nukleotide an freie 3´ OH-Gruppen
- Was machen Phosphodiesterasen? spalten Phosphodiester-Bindungen innerhalb von Nukleinsäuren
- Was sind Exonukleasen? Spalten vom 5´ oder 3´Ende Nukleotide ab
- Was machen Endonukleasen? spalten innerhalb von Nukleinsäuren bis nur noch sehr kleine Oligonukleotide übrig sind
- Was macht man um die DNA von Proteinen zu reinigen? Phenolextraktion
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- Was macht man um die DNA zu fällen? Ethanolfällung
- Was macht man um die DNA aufzureinigen? Anionenaustauschsäulen Sillikat-------------------------
- Wozu werden Linker und Adapter gebraucht? Um definierte Schnittstellen an glatte Enden zu bringen
- Wofür macht man RT-PCR? um aus der RNA nochmal DNA zu machen
- Welche Zyklen kann ein Phage eingehen? Lytischer Zyklus---sofortige Zerstörung Lysogener Zyklus----ist erst nen Prophage und teilt sich mit der Zelle
- Was sind unikale Sequenzen in Chromosomen? Strukturgene
- Was sind mittelrepetetive Sequenzen in Chromosomen? Gene für rRNA und Transposons
- Was sind hochrepetetive Sequenzen in Chromosomen? Satelliten DNA
- Was sind Reportergene? Markergene die durch einfache biochemische Methoden nachweisbar sind