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Epigenetik und Chromatin (Fach) / VL5 (Lektion)
- Chromosome conformation capture (3c) Sind 2 Teike des Chromosomens räumlich einander nahe oder nicht? 1. 2 Fragmente werden gecrosslinked zB.mit Formaldehyd 2. Restriktionsverdau 3. Intramolekulare Ligation → Chromosomenstücke sind miteinander verbunden 4. Prozessierung mit 3c, 4c oder 5c- Methode
- Was macht man wenn man wissen will ob sich Teile von Chromosomen räumlich nahe sind? Chromosome conformation capture (3c)
- TADs (Topologically associated domains) - Organisationsstruktur der Chromosomen im Kern - jedes Chromosom an bestimmter Stelle
- Wie sind Hetero- und Euchromatin im Kern verteilt? Heterochromatin: Rand und Nucleolus Euchromatin: dazwischen
- Wo findet Transkription statt? - erforscht mithilfe der Markierung von aktiven Polymerasen mit Fluoro-Uracil - Transkription gebündelt : "Transkriptionsfabriken" mit mehreren Polymerasen, DNA wird da durchgefädelt - nicht Polymerase gleitet, sondern DNA - bei Replikation und Reperatur ähnlich
- Was machen Histon-Chaperone? werden zur Bildung der Nukleosomen benötigt
- Wie sind Nukleosomen im Genom positioniert? 1. anhand von Sequenzinformationen Sequenzpräferenz von Nukleosomen: GC, AT- reiche Stellen 2. AT- reiche Promotor-Regionen sind meist frei von Nukleosomen → Nucleosome- depleted- regions 3. Chromatin- remodeler Proteinkomplexe (ATPasen), die Histone verschieben DNA hat negativen Einfluss auf Transkription
- Was machen Chromatin Remodeler? 1. Nucleosome sliding → Verschieben 2. Nucleosome eviction → katapultieren Histon raus 3. Histone exchange → Tauschen Histon gegen Histonvariante aus 4. Nucleosome assembly
- Funktion von Remodelern am Promotor? zB. Histon rausschmeißen vor Transkription → aktivierend
- Nenne 5 Chromatin- Remodeler! 1. Swi2/Snf2- like (switch sucrose non fermenting) 2. ISW (initiation switch) 3. RSC (remodels structure of chromatin) 4. CHD (chromo domain) 5. Ino80- Komplex (tauscht H2A gegen H2A.Z)
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