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lalaland (Fach) / lalaland (Lektion)

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• Nachteile von 2d Gelelektrophorese -zeitaufwendig -Quantifizierung: Genauigkeit nicht befriedigend
• 2D Gelelektrophorese: wie erreicht man, dass in der 2. Dimension eine Trennung nach der Molekülmasse erfolgt? Protein+ SDS( Natriumedecylsulfat) ist ein anionisches Tensid, welches die Eigenladung der Proteine überdeckt: Es bilden sich Mizellen, die konstante negative Ladung pro Masseeinheit haben: Korrelation der Laufstrecke v SDS Protein Mizellen Mischung mit der Molmasse der Proteine
• Silberfärbung vorteile und Nachteile VT: sehr empfindlich NT: keine weitere Analyse möglich ( Silber enfärbt sich nicht mehr, Korrelation Proteinmenge/Silbermenge unbefriedigend)
• FLuorgraphie Vt/NT VT: sehr empfindlich NT: benötigt radioaktiv markierte Proteine
• Polyacrylamid VT/NT VT: klar      fast Endoosmose-frei NT: kanzerogen       nicht für große Proteine ( >800kD) da sie nicht in das Gel einwandern können (Porengröße     ist begrenzt)
• Elektrophorese: Wie ist die Mobiliät definiert? Welche Ionen besitzen überragende Mobilität Mobilität, Beweglichkeit vom Protein auf konstante Feldstärke bezogen Wanderungsgeschwindigkeit der Ionen. H30- OH- größte Mobilität.
• DNA Färbemethoden: Silbernitrat Fluoreszenzfarbstoff: TOTO-1,YOYO-1,Ethidumbromid
• Methode der Elektrophorese: Isoelektrische Fokussierung: Wie begründen Sie den Namen? elektrophoretische Trennung mit einem ph Gradienten: in abhängigkeit vom lokalen PH Wert wandern die Proteine entweder in -( wenn Kation)Richtung oder +( wenn Anion) Richtung). Wenn isoelektrische Punkt vom Protein  vom lokale ph Wert entspricht: bleiben Stehen alle die selben ph wert haben ( alle Isoelektrische Punkt gleich)  sammeln sich an einem Punkt--> Fokussierung!
• Isoelektrische Fokussierung: Beschreiben Sie kurz zwei Methoden , wie der für die elektrophoretische Trennung notwendige Ph Gradient hergestellt werden kann. 1. Ph Gradient wird vor der Isoelektirschen Fokussierung aufgebaut. oligoarmino-oligocarbonsäure ( unterschiedliche pks /pkh Werte) sind Trägeraampholyte Durch Elektrophorese dieser Mischung wir der ph Gradient im Gel aufgebaut. DANN erst Proteinauftragung  und DANN folgt Isoelektrische Fokussierung. 2. Ph Gradient liegt bereits im Gel vor. man kann IEF Gele kaufen. Acrylamid mit Oligoamino-oligocarboxy-acrylamid (unterschiedliche pks/pkh Werte) sogenannte Immobiline copolymerisiert. IEF Gele mit unterschiedlichen Ph Bereichen
• Kapillarelektrophorese ( CE) Worauf beruht der grundlegene Teilchentransport bei der CE Aus welchen Material besteht die verwendeten Kapillare in welcher Größenordnung bewegt sich die angelegte Spannung Elektroosmotischer Fluss Quarzglass ( mit Polyimid beschichtet) 10.000-30.000V
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• Was versteht man unter eutekrische Temperatur? eutekrische Temperatur ist jene Temperatur die unabhängig vom Mischverhältnis  zweiersubstanzen  zum schmelzen beginnt
• Frederick Serger hat zweimal den NP .. wofür? 1. Strukturaufklärung von Insulin ( Proteinsequenzierung) 2. Didesoxy Methode ( DNA Sequenzierung)
• Bestimmung von AS-ZUsammensetzung von Peptiden/ Proteinen. Die durch Hydrolyse erhaltenen Aminosäuremischungen wird via HPLC nach Vorsäulenderivaten aufgetrennt. Nennen Sie zwei gängige Reagentien zur Derivatisierung von Aminösäuren. PITS ( Phenylisothiocyanat) OPA (o-Phthaldialdehyd) DABS-Cl ( Dabsychlorid)
• In-situ: Quantifizierung von inneren Chromatogrammen ( DC(HPLC) worin besteht der Vorteil einer Messung in Remission gegenüber einer Messung in Transmission? Remission: Insensitäten eines diffus reflektiertem Lichtstrahl gemessen, dieser muss nicht durch eine D-Platte--> Daher können auch substanzen mit einer Uv Absorptionsmax unterhalb 330nm erfasst.
• HPTLC: Welches der beiden Messprinzipien der in situ Quantifizierung würden Sie verwendenn wenn sie einen Arzneistoff mit einem UV Absoprtionsmax von 280 nm quantifizieren müssten. Messprinzip: Remission Begründung: für eine Messung in Transmission Welllängen von 280 nm zu kurzwellig, weil das Glas der HPTLC Platte nur oberhalb von 330nm UV durchlässig ist.
• Was ist ein Aptamer? Nennen Sie zwei spezielle Eigenschaften von Aptameren. Einsatzmöglichkeiten? <Kurzkettige einzelstrang dna/ rna Olignukleotide die sich dann hochspezifisch an Moleküle via adaptive bindung anlagern. besitzen hohe affinität und spezifität . chemisch stabil Einsatzmöglichkeiten: Diagnostik potentielle Wirkstoffe
• Erklären Sie kurz das Prinzip der CD Spektroskopie werden konventionelle uv spektren von Enantiomeren aufgenommen, so müssen sich für die optische Antipoden identische spektren ergeben.  unterschiedliche spektren werden enthalten, wenn für die messung zirkular pol. licht verwedent wird. CD SPektrum ist ein UV Spektrum, welches auf der Absorptionsdifferenz  zw. link und rechts  zirkular pol. licht gewonnen wird.
• Wie funktioniert die Rasterkraftmikroskopie SFM, welche auflösung lasst sich ca. erreichen? An Blattfeder Nadel, welche das Objekt rasterförmig abtastet. Ver. Sonden liefern unterschiedliche Infos über unt. Messgrößen ( Kraft, Reibung, Ladung) Erreichbare Lösung bei 0,1-10nm
• Quantifizierungsmethode von Proteinen: Nötige Reagentien, analtisches Prinzip der Methode, wie wird gemessen? Biruet- Assay: Biruet Assay ( Carbamoylharnstoff)  reagiert mit CU2+ in wässriger alkalische Lsg zu rotviolettem Farbkomplex. Photometrische Messung bei gamma 550 nm
• Mit welcher Reaktion kann man Methylketon Teilstrukturen nachweisen? Welche Reagentien werden dafür verwendet woran erkennt man positiven ausfall? mit Iodoform  Reaktion ( Haloform Reaktion) Reagentien: elementares Iod ( I2) und NaOH positiver Ausfall: Geruch nach Iodoform (CHI3)
• Mit welcher Reaktion kann man Acetophenon und Propionphenon eindeutig voneinander unterscheiden? Iodoform ( Haloform- Reaktion), da Acetophenon ein Methylketon ist. Daher: bei Acetophenon positiver Ausfall/ Propionphenon negativ.
• Unterschied. Wiederholspräzision und Verleichspräzision, welcher hat größere Streuung? Wiederholspräzision: laborinterne Reproduzierbarkeit einer Methode Vergleichspräzision: gibt Reproduzierbarkeit von labor zu labor weiter Vergleichspräzision hat gr. Streuung
• Photoaffinitätsmakierung? liganden werden mit einer photoaktivierbaren Gruppe versehen. nach bindung an target: Funktionalität durch UV licht aktiviert --> Kovalenten Bindung zw. Ligand und Target wird aufgebaut. DADURCH BINDUNGSSTELLEN ANALYSIERT WERDEN photoaktive Gruppe: Diazirine--- bilden bei UV Bestrahlung Carbene.
• Gaschromaographie ( GC) woher sind die Elektronen? welche Substanzen werden mit diesem Detektor sehr empflindlich erfasst werden? Elektronen aus beta strahler ( 63Ni) Detektor erfasst halogenhaltige Verbindungen sehr empfindlich.
• GC: Unterschied zw. Dünnfilmkapillarsäule und Dünnschichtkapillarsäule? Schicht: flüssige stationäre Phase auf einem feinkörnigen Trägermateria, mit dem die Kapillare ausgekleidet ist. Film: haftet die flüssige stationäre Phase direkt  an der glatten Kapillar Innenwand.
• welcher der drei konstanten in der van deemter gleichung profitiert am meisten beim übergangn von einer flüssigen mobilen Phase(DC,SC,HPLC) zu einer gasförmigen mobilen Phase (GC) der Term C:  der Term C beschreibt den Einfluss der Geschwindigkeit der Gleichgewichtseinstellung. Diese Geschwindigkeit hängt von der Viskosität der mobilen Phase ab. Ein Gas hat eine wesentlich geringere Viskosität als eine Flüssigkeit schnellere Gleichgewichtseinstellung --> geringere Trennstufenhöhe
• Welcher Term der van Deemter Gleichung profitiert am meisten wenn man Absorbens mit weiten unverzweigten Poren ohne Sackgasse verwendet? Term B Term B profitiert am meisten da er den Einfluss der longitudinalen Diffusion beschreibt. Letztere ist gering wenn die stationäre Phase weite unverzweigte poren aufweist.
• Festphasenpeptidsynthese_ welche beiden AS machen die meisten Probleme? Arginin Cystein --> aufwendig zu schätzen, abspaltung der PG post festum schwierig
• Warum ist Cholesterin aus analytischer Sicht ein unattraktives Molekül ist Kohlenwasserstoff mit 27 C welche wenige Funktionalitäten hat ( eine DB eine Hydrosylgruppe)
• Quantitative Proteinbestimmung mittels Färbetest: Birutet Assay : Komplexbildung mit Cu2+ Bradford Assay : Anlagerung von Farbstoff Lowry Assay: Komplexbildung mit Cu+ BCA Assay: Komplexbildung mit Cu+
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• Beschreibe Aminosäureanalyse Protein durch Hydrolyse ( mit 6n hcl) in einzelne As zerlegt, nach deriviatisierung  erfolgt trennung mittels HPLC. Ziel: bestimmung der relativen aminosäurezusammensetzung eines proteins. korreliert diese mit gegebener sequenz?
• Tetrapeptid soll hergestellt werden Festphase Synthese in LSG VT /NT Festphase (2x) VT voll automatisch sehr gute Ausbeute durch einsatz von überschüssigen Reagentien NT zwei zusätzliche Syntheseschritte eingeschränkte Möglichkeiten der Reaktionsverfolgung
• Validierung: was Nachweisgrenze und Bestimmungsgrenze einer Analysemethode? Welcher der beiden Werte immer niedriger? N: kleinste nachweisbare Substanzmenge B:kleineste quantifizierbare Substzanzmenge N ist immer kleiner als B
• Leitsequenzierung nach Chait et al. Maldi Tof + Edman-Abbau peptid wird durch modizierten E-A pro reaktionszyklus nur unvollständig abgebaut, wobei das peptidgemisch kontinuierlich um eine  AS abgebaut wird. Erzeugung peptidleiter: Edman-Abbau mit 95% phenylisothiocyanat in gegenwart von 5% phenylisocyanat Bildung : saurestabiles phenylcarbamoy - PC- Peptid MALDI TOF: daraus massenabstand der aufeinanderfolgenden ionensignale die sequenz ablesen
• Ermittlung welcher der folgenden Kenngrößen eines chromatographischen Peaks erfordert/erfordern die Anwesenheit des Peaks einer Inersubstanz im Chromatogramm Nettoretentionszeit k`-Wert
• welches der Trennmethoden liefert ein inneres welches äußeres Chromatogram? GC / DC/ HPLC / HPTLC / SC / SFC innen      außen: DC           GC HPTLC      HPLC                 SC                SFC
• Welcher Trennmechanismus zur SC HPLC eines gemisches von unterschiedlichern großen polysacchariden ( MG 20000-40000)verwenden, welcher Detektor ist dafür geeignet? Trennungsmechanismus: Ausschluss (Gelchromatographie) Detektor: Brechungsindexdetektor ( Refraktometer) oder ELSD ( Lichtstreudetektor)
• Wichtigster Grund warum Derivatisierung von Analysesubstanzen bei der GC und HPLC angewand wird? GC: erhöhung von Flüchtigkeit HPLC: verbesserund detektierbarkeit
• Welche Vorraussetzung muss HPLC Detektor erfüllen damit er eine aussage über die peakreinheit ermöglichen kann? nenne sie ein beispiel für so einen detektor? Detektor muss: spektroskopische info über die Substanz liefern spektrum am beginn des peaks und am ende verglichen werden bsp: UV diodenarray detektor ( liefert UV Spektrum); MS Detektor
• Welche der folgenden Reaktionen sind bei N Butylscopolaminiumbromid positiv? Vitali Periodid Niederschlag mit Ag+ in verd. HNO3 Hydroxymsäure Reaktion
• welche der folgenden Reaktionen sind bei Ephedrin postiv? Chen Kao reaktion Periodid Bildung Malaprade Reaktion
• Welche bei Morphin Hydrochlorid positiv? zartblaue Färbung bei Fe3+ Periodid B Niederschlag mit AgNO3/ verd. HNO3 Husemanreaktion
• Enzymatische Analyse. Nennen Sie drei Messtechniken und jeweils ein kurzes Beispiel Photometrie: 1. enzymatische Reaktion liefert einen Farbstoff oder eine im UV-Bereich absorbierende Verbindung                     2. Messung  von NAD als Redoxpartner bei enzymatischer Reduktion/ Oxidation Potentiometrie ( ph Wert Messung) abspaltung von ester durch lipase. gebildete säure senkt den ph wert Konduktometrie (Leitwertmessung) bestimmung v Harnstoff:  Durch Urease NH4+ gebildet, welche leitwert erhöht.
• Phosphorproteine? Proteine mit AS  die an der SK Phosphatreste tragen. Phosphorylierung : kann nur an bestimmten AS : Serin, Threonin, Tyrosin
• proteinogene AS sind alpha Aminocarbonsäuren sind baustein für natürliche peptide proteine bestitzen jeweils ein entsprechendes Codon auf DNA RNA
• AS nr. 21/22 21. Selenocystein 22.Pyrrolysin
• Oligos Oligos sind Oligonukleotide; kurzkettige Nukleinsäuren ( DNA/RNA Fragmente)
• mit welcher chemischen Reaktion kann man einen tert Alkohol von einem sek. Alkohol eindeutig unterscheiden? durch Oxidation mit KMnO4 ... ist nur beim sek. Alkohol möglich; Oxidation zum Keton Permanganatlösung wird entfärbt
• CMC ? In wiefern ist CMC für die Proteinreinigung von Bedeutung? CMC kritische mizellare Konzentration; tenside bilden bei konzentrationen die über der CMC liegen, mizellen. tenside werden zur solubilisierung von hydrophoben proteinen und membranproteinen benütigt. bei proteinisolierung sollte tensid kontzentration unter cmc bleiben.
• SPPS: FMOC Strategie welche Reagentien? für die ABspaltung des FMOC restes: Piperidin (20%) in DMF (Dimethylformamid) Abspaltung von Harz:TFA Trifluoressigsäure

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