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Bioinformatik (Fach) / Vorlesung 1 (Lektion)

Sequenzanalyse

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  • BRCA1 Gen - NCBI Nucleotide database -> find sequence and further information - Softberry -> TSSW software (Promotor and TSS search) - TFBS (Transcription factor binding site) -> PROMO, TESS, Genomatix, Prodoric (procaryotes) - Databases for already annotated promotors and TFBS -> EPD, SABiosciences, MotifMap - ENCODE for all sorts of analysis - STRING database for network reconstruction -> or KEGG, Roche BC pathways, Qiagen pathways
  • Genom Annotation - Promotor, ORF - Introns: Exon-Intronstrat ist GT, Intronende ist AG - Enhancer silencer, initiation site, ribosomal binding site -> Software: GenScan, Glimmer, Genepredict, Orpheus -Repetitive DNA, Transkripte finden, Sequenzanalyse der Proteine
  • Maße für Allel-Unterschiede - Dk = Normalisierter Unterschied nach Pearson Korrelation - D' = Kovarianz der Allelhäufigkeit - FST = Varianz der Allelhäufigkeiten, direkt bestimmt - RST = Varianz der Allel-anteile, indirekt bestimmt

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