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Molekulare Tierzucht (Fach) / Genomdatenbanken (Lektion)
Scheperteil
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- Read kurze überlappende DNA- oder Proteinsequenzen aus der Sequenzierung (methodenunabhängig) = unbekannter Sequenzabschnitt, grobe Länge bekannt = Fragment
- Ablignment bioinformatisches Verfahren zur Berechnung der Überlappung von Reads um eine Konsenssequenz zu erstellen
- Coverage Anzahl an Reads mit denen eine Sequenzposition abgedeckt wird
- Conting angrenzender, zusammenhängender Satz überlappender reads
- Sequenz-Gap Sequenz-Lücke, noch keine ausreichenden Reads vorhanden, Kenntnis das Sequenz vorhanden
- Physisches Gap Lücke in der Sequenz, Struktur unbekannt, keine Verbindung zwischen Contigs bekannt
- Scaffold ein mehr oder minder großer rekonstruierter Teil der Genom-Sequenz, der sich aus Contings und Gaps zusammensetzt
- Assembly Ordnung und Zusammenführung von DNA-Fragmenten zur Erstellung größerer Ordnungseinheiten bis hin zum vollen Genom -> Assemblies sind dynamisch und werden mit der Zeit aktualisiert, jede Assembly-Version besitzt eine eigenständige Bezeichnung: Beispiel Rind: UMD3.1.1 -> Annotationen und Alignments sind Assembly spezifisch und nicht zwangsläufig übertragbar
- Annotation Identifizierung von Genen in einer Sequenzstruktur (Assembly) mithilfe von bioinformatischen Methoden: d.h. Alignmen und Mustererkennung
- EST Expressed Sequence Tags Basis sind cDNAs die aus reverser Transkription von mRNA gewonnen werden und somit die exprimierten Teile der Sequenz enthalten
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- cds coding sequences, die Summe aller ESTs eines Genes
- Acession Numbers klar definiertes ID-Nummern System für Sequennzen etc. Nachvollziehbarkeit der Herkunft und Einheitlichkeit
- Allgemeiner Nutzen von Genomdatenbanken und Anwendungsbeispiele Allumfassende Bereitstellung und Pflege von molekularbiologischen Forschungsergebnissen für JEDERMANN Suche nach Geninformationen Alignment von Nukleotidsequenzen -> BLAST (Basic Local Algnment Search Tool) Suche nach Sequenzvarianten für Analysen