Hier werden durch ein starkes Magnetfeld Protonen zur Längsrichtung diesen Feldes ausgerichtet, sowie die Frequenz und die Geschwindigkeit mit der ihre Ladung rotiert bestimmt (Präzessions oder Larmorfrequenz).

Wird das Magnetimpuls abgeschaltet, so geben die in ihre ursprüngliche Ausrichtung zurückfallenden Protonen Energie ab. Diese ist von der chemischen Bindung der Protonen abhängig (Fett-, Wassergebunden etc.).

Daher wird die MRT zur Darstellung von Weichteilstruckturen benutzt.