Strukturqualität definiert sich ganz wesentlich über die Kompetenz und fachliche Qualifikation des Arztes und der Praxismitarbeiter. Sie umfasst darüber hinaus Anforderungen an die apparative und räumliche Ausstattung der Praxis sowie gegebenenfalls auch Vorgaben an die Organisation und Hygiene. Eine gute Struktur garantiert nicht automatisch gute Ergebnisse, ist aber die Basis dafür. Die Anforderungen sind in bundesweit geltenden Richtlinien und Vereinbarungen, sowie in Verträgen, welche die KVen mit den Krankenkassen abgeschlossen haben, festgelegt. Sie bestimmen beispielsweise, welche Ausbildung und Erfahrung ein Arzt und sein Praxisteam besitzen müssen, um ambulant operieren zu dürfen.