Es muss zum einen mit Mehrkosten gerechnet werden, da spezielle Radarsysteme zur Früherkennung von Fledermausflug installiert werden müssen. Zum anderen ist mit Ertragsverlust zu kalkulieren, da die WEA zum Schutz der Fledermäuse in deren Hauptflugzeit, meist Dämmerung, abzuschalten ist. Außerdem birgt die Planung eines solchen Vorhabens immer das Risiko in Konfliktsituationen mit Tierschützern zu geraten, was schlussendlich schlecht für die öffentliche Meinung zur Windenergie ist.