Die genaue Pathogenese bleibt ungeklärt, es gibt allerdings mehrer Hypothesen:

A Mangelnde Selbstbefreiung aus der Erstickungssituation, sogenannten Tauchreflex (Atemschutzreflex) über Parasympatikusaktivierung

B Stoffwechselstörung des Atemzentrums. Eine unbekannte Stoffwechselstörung verhindert das "Abbrechen" des Tauchreflexes in Notsituationen.

C Alternative Erklärungsversuche

1. Impfreaktion: Das zeitliche Zusammenfallen der Impfungen mit dem Zeitpunkt des plötzlichen Säuglingstodes ist mit hoher Wahrscheinlichkeit Zufall. Trotzdem gibt es Impfgegner die die Ursache für den plötzlichen Kindstod bei den Impfungen sehen.

2. Durchblutungsstörung im Hirnstamm: Durch Ultraschall erkennbar. Bei einigen Säuglingen kommt es vor, dass wenn sie sich in Bauchlage befinden und das Köpfchen zur Seite drehen um zu atmen, die Durchblutung der A.vertebralis abgeklemmt bzw. gestört wird.

3. Lebensmittelvergiftung (Säuglingsbotulinismus): Besiedelung des Darmes mit Clostridium Botulinus, der anschließend Botulinus Toxin produziert. Der Muskeltonus sinkt.

4. Nervengas-Freisetzung aus pilzbesiedelten Matratzen