Die Nukleotide werden durch eine 3'5' Phosphodiesterbindung miteinander verknüpft, d.h. die Bindung entsteht zwischen

• Phosphatgruppe, die sich am C₅ Atom der Pentose des einen Nukleotids befindet

• OH-Gruppe, die sich am C₃ Atom der Pentose des anderen Nukleotids befindet

Die „Vorläufermoleküle“ sind Nukleosidtriphosphate. Bei der Kettenbildung werden 2 Phosphate (Pyrophosphat) abgespalten.

Dadurch entsteht eine Kette, die 2 unterschiedliche Enden aufweist:

• 3' Ende: bezieht sich auf die OH-Gruppe am C₃-Atom des Pentosezuckers

• 5' Ende: bezieht sich auf den Phosphatrest am C₅-Atom des Pentosezuckers