Oft besteht kein direktes Membrankontinuum zwischen ER und Golgi-Apparat.

Zur Übertragung von Proteinen in den Golgi-Apparat schnürt sich ein Vesikel in dem das Protein enthalten ist vom ER ab und wandert zur cis-Seite des Golgi-Apparats. Dort fusioniert das Vesikel mit der Membran und setzt seinen Inhalt in das Lumen frei.

An der trans-Seite schnüren sich Vesikel vom Golgi-Apparat ab, die ihren Inhalt von ihm weg transportieren.

Je nach Zielort sind die Sekretvesikel der trans-Seite unterschiedlich gestaltet:

• coated Vesikel zum Transport von Vakuolenproteinen tragen eine Proteinhülle an der Außenseite (→ bei Pflanzen)

• Vesikel zum Transport an die Zelloberfläche besitzen eine glatte Oberfläche

Beim Erreichen des Zielorts verschmelzen die Vesikel mit der jeweiligen Membran und der Inhalt wird nach außen bzw. in die Vakuole abgegeben (Exocytose). Die Vesikelmembran wird Teil der Zell- bzw. Vakuolenmembran.