Vakuolen können als Speicherort für verschiedene Substanzen dienen:

• Produkte des Primärstoffwechsels (Zucker, Proteine...)

• giftige Produkte des Sekundärstoffwechsels (Nikotin, Tannin...)

  → diese Stoffe werden durch den Einschluss in der Vakuole dauerhaft aus dem Stoffwechsel entfernt

  → positiver Nebeneffekt ist oft ein Schutz vor Fressfeinden und Parasiten

• Farbstoffe

  → Anthocyane sind verantwortlich für rote, blaue und violette Farben; bei manchen Pflanzen (z.B. Blutbuche) sind diese Farben so intensiv, dass sie das Chlorophyll überdecken

  → Anthocyane sind auch für rote Herbstfarben verantwortlich: sie bilden sich bei einer Kombination aus kaltem Wetter und viel Sonnenschein, wenn das Chlorophyll schon abgebaut wurde

  → ohne Anthocyane werden im Herbst die Carotinoide sichtbar

Vakuolen können darüber hinaus auch Verdauungsfunktion übernehmen (Abbau von Makromolekülen).

Die dafür eingelagerten Enzyme werden als Hydrolasen bezeichnet. Bei Auflösung des Tonoplasten kann es zur Selbstverdauung der Zelle kommen (Autolyse).

Durch die Vakuole entwickelt sich in der Zelle ein Innendruck (aufgrund der hohen Teilchenkonzentration strömt Wasser in die Vakuole ein). Dieser Turgordruck ist wichtig für die Gewebespannung, die auch krautigen Pflanzen Festigkeit verleiht.

→ Vakuolen können also auch als wichtiges Wasserreservoir gesehen werden.