häufigste ursache: meiotische nichthomologe Rekombination zwischen sog. repetitiven Sequenzen, die die Deletionsregion flankieren

bei einigen Krankheitsbildern (Angelman-Syndrom) ist nur ein einzelnes Gen im Deletionsbereich für die Smyptomatik verantwortlich, in anderen Fällen entstehen die klinischen Auffälligkeiten durch den Verlust dosissensitiver Gene im Deletionsbereich (Haploinsuff.)

darüber hinaus können weitere Faktoren, wie das sog. Imprinting (Angelman, Prader-Willi) eine Rolle spielen