Das Mittel der Wahl bei einer Borreliose im Stadium I ist Doxycyclin.

Es hat eine gute Gewebegängigkeit und reichert sich intrazellulär an. Für die Wirkung ist das entscheidend, da der Erreger kontinuierlich zwischen seiner extrazellulären und intrazellulären Form wechseln kann. Doxycyclin sollte über mindestens 2 Wochen eingenommen werden.

Ab dem Stadium II der Borreliose sollte bevorzugt mit Ceftriaxon i.v. therapiert werden. Dieses Medikament zeigt ebenfalls eine sehr gute Gewebegängkeit, kann die Blut-Hirnschranke überwinden und demnach auch bei einer Neuroborreliose wirken.